Po riječima Hidea Kojime, Metal Gear Solid V: The Phantom Pain mogao bi imati nedosljednosti u priči. Kojima je dodatno pojasnio da je teško pratiti kompliciranu radnju serijala. MGSV: The Phantom Pain se odvija nakon događaja iz Metal Gear Solid 3: Snake Eatera, a prije onih u originalnom Metal Gear Solidu. Nadodao je da kada se pokuša napisati nešto što bi kronološki trebalo biti u sredini, mogu se pojaviti proturječnosti kada se ide u sitne detalje.

Usprkos tome, Kojima zadržava stav da bi gameplay i zabava trebali biti najvažnije stvari nego briga da se sve savršeno posloži. Najvažniji dio je napisati nešto što je zabavno, impresivno i bolje od onoga što je bilo ranije. U ime toga i postizanja boljeg iskustva pisci žrtvuju određene dosljednosti u priči. Kojima se nada da će fanovi imati razumijevanja, no potrudit će se napisati priču što je bolje moguće.

Kao što je poznato, Konami je potvrdio da će Metal Gear Solid V: Ground Zeroes, prolog The Phantom Paina, biti objavljen kao samostalan naslov, a izići će tijekom proljeća iduće godine za PlayStation 3 i 4, te Xbox 360 i Xbox One.